现在的网络创造了一个虚拟世界，称为 “数字世界”。作为数字生活对象的 “数字怪物” 诞生了，主机 Yggdrasil 管理着不同的数字世界领域。然而，它开发了恐惧的 X 程序，以消除旧世界中的所有数码宝贝，并为某些数码宝贝开发一个新的数字世界。现在，数字世界正面临着有史以来最大的危机。X-Digimon 是一种新型的数字怪物，被保护数字世界的皇家骑士追捕。他们的主人，网络监督员 Yggdrasil，试图启动项目方舟，更新数字世界，创造新的数码宝贝，但代价是所有其他数字生活。这个新的 X-Digimon 将寻求自己存在的答案，因为它试图保护所有 Digimon 的生命，在这个过程中，它将永远改变数字世界。
