在真嗣沉睡的14年间到底发生了什么？明日香的身上又发生了什么样的变故？绫波零又将面临什么样的结局？神经元的目的逐渐浮出水面，维勒为了阻止神经元，整装待发前往最终决战之地！ 再见了，所有的新世纪福音战士。
