一群盗贼为了寻找传说中的宝藏而去到远海的孤岛监狱，但他们却发现了被囚禁在那里的Hakaider，最后全被Hakaider杀死。失去记忆的Hakaider为了追寻身世而来到了“基督城”，基督城虽然表面上是一个和平的都市，但其实内里统治者古谢夫将有反抗意识的人改造为不反抗者，营造出一片虚假的和平。其后Hakaider在与基督城的重武装兵交战时，当地的反抗组织出手相助，战斗后Hakaider与组织成员一同返回地下基地。在基地内，Hakaider与一名叫薰的少女产生了微妙的关系…… 得知Hakaider出现的古谢夫命令重武装兵将它消灭，因为Hakaider为古谢夫所制造，但由于不服从命令而被囚禁，Hakaider的出现无疑会危及他的统治。在古谢夫的亲卫机器人米迦勒的带领下，重武装兵突袭反抗组织基地，薰因此而丧生。袭击后得以存活的Hakaider无比愤怒，为了打倒古谢夫，Hakaider向着基督城的元老院进发……
