三年前被摧毁的拉卡病毒再一次出现,吴正飞接到组织的命令,以卧底身份潜入黑暗集团头目黄仁的集团里,调查新型拉卡病毒研制地点,及幕后黑手“幽灵王”的真实身份。潜入黑暗集团首先要接近黄仁的女儿黄莉莉。吴正为了顺利完成任务,忍痛割爱与女友可可分手。让吴正飞想不到的是,他的这次行动并不是组织给他下达的命令,而是他师弟李辉天给他下的套,让组织误以为他叛变了。随着吴正飞的步步深入,吴正飞陷入了假扮正义组织卧底黄仁一个更大的陷阱里。原来黄仁就是“幽灵王”,他想通过这个精心策划的阴谋,将正义组织一网打尽,释放可怕的新型拉卡病毒。正义组织吴正飞等人将要被黑暗集团剿灭时,得到黄莉莉的帮助,部分人员得以脱险。黄仁疯狂地进行最后一步行动,释放新型拉卡病毒,可令黄仁意想不到的是,吴正飞提前联系好的黑衣人陆正天出现,阻止了一场世界生化病毒大灾难。