拓也一行人意外地卷入到彷徨之岛上的人型数码兽和兽型数码兽的战争当中。势不两立的两个种族的孩子们，却是十分要好的朋友。战争不可避免地打响，孩子们却发现，两族的头领 贞德兽和 马鹰兽竟然拥有相同的饰物，而传说中小岛的守护神—— 奥尼斯兽的背后，隐藏着一个惊人的秘密和阴谋……神原拓也他们到了数码世界的一个浮起的岛——彷徨之岛，这个岛上的人型数码兽和兽型数码兽是完全对立的关系，人型的数码兽帮助了拓也、友树和纯平，而兽型的数码兽则协助辉二和泉，拓也和辉二竟就此打起上来， 后来因其它数码兽哭了起来而停止。人型的 剑道兽，与兽型的 小熊兽是好朋友，他们说起了古代的数码兽，认为如果他们仍然存在的话，必定可解救这个岛。两种型态的数码兽再次战争， 拓也进化成 炎龙兽，而辉二则进化成 野狼兽，制止战斗。 后来纯平与小泉他们竟发现人型的领袖与兽型的领袖竟是同一只数码宝贝 梅路梅克斯兽分别变身而成的两只数码宝贝，而它更令古代的数码宝贝奥尼斯兽复活，意图统治数码世界，就在众人绝望之时，剑道兽和小熊兽向刻有 古代暴龙兽和 古代加鲁鲁兽壁画的遗迹祈祷，古代暴龙兽与古代加鲁鲁兽竟然复活了！并且帮助拓也等人打败了奥尼斯兽，制止了这次危机。至此，彷徨之岛的人型数码兽与兽型数码兽的战斗就此划下了句号。彷徨之岛也变得不再彷徨了。
