晴生·榊是登上移民船的幸运儿之一,但自从4岁时目睹父母被哥斯拉杀死后,20年来一直想回到地球为父母报仇。随着飞船上生存环境越来越差,想重返地球的人成为主流。榊和他们通过超时空旅行返回地球,没想到到达地球时已是20000年之后了,地球生态圈已经完全改变,哥斯拉是食物链顶端的王者,榊的复仇之路也面临更多不确定的因素。