超古代中的神魔之战，阿尔宙斯阵营以全胜而告终，但实际也损失惨重，虽后来又创造出了不少神袛，但仍然无法弥补阿尔宙斯阵营的损失。
几亿年后，命运的齿轮重新转动，一切的一切都是宿命，一个人类世界的少年不知为何重生到了神奇宝贝的世界。
上亿年的恩怨情仇再次从尘封中苏醒，一切的一切仿佛是天注定。
这个少年的诞生引起了阿尔宙斯和整个神界的关注，并不是因为他来自人类世界，因为他，像极了某个人。而这个少年也不知道，自己将来要背负的，不仅是自己的未来。还有地球上的生灵，乃至整个宇宙的未来。
亲情，爱情，友情，力量，宿命，终极决战，他将该如何选择？他又会如何拯救世界？
等待着他的众神还有神奇宝贝世界的究竟会是无止的黑暗还是一片
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